לאחר הפקת ההפקדה במערכת הנהלת החשבונות, ושמירת נתוני ההפקדה בקובץ, יפתח על צג המחשב מסך ההפקדה הראשי הבא:
מסך ראשי – הפקדת צ'קים
במקרה שמסך ההפקדה הראשי לא נפתח באופן אוטומטי, הקלקה עם הלחצן הימני של העכבר על האייקון CI3 בשורת המשימות של המחשב תפתח את התפריט הבא:
לחיצה על "יצירת קובץ הפקדה", ובחירת הקובץ בספרייה יפתחו את המסך הראשי.
לחיצה על "קליטת צ'קים" תפתח את המסך הראשי במצב עבודה ישירה מול CI3 למשתמשים אשר עובדים ללא ממשק למערכת הנהלת החשבונות.
בתפריט זה ניתן גם לבצע פעולת אתחול לסורק במקרה של תקלה בסריקה (נורית חיווי מצבי הסורק דולקת באדום) ע"י בחירת "שחרור" מהתפריט הנ"ל.
במסך הראשי של הפקדת צ'קים נוכל לראות את מספר הצ'קים בהפקדה, את פרטי הצ'קים, את הסכום הכולל ואת הרשומות השגויות.
חשוב לוודא כי הסכום וכמות הצ'קים תואמים את ההפקדה שאנו מעוניינים לבצע (מול הנהלת החשבונות או מול הצ'קים פיזית).
לחיצה על 
תפתח חלון שמציג את פרוט הצ'קים בהפקדה.
השלמה / עדכון סריקות
כל עוד ה- 
במסך ההפקדה הראשי אינו בצבע ירוק אין אפשרות להמשיך בתהליך ההפקדה ויש לבצע השלמה של הסריקות החסרות ותיקון פרטים שגויים.
במסך ההפקדה הראשי תוצג כמות הצ'קים עבורם לא אותרה סריקה. רשומות אלו יופיעו בפירוט ההפקדה עם סימון X אדום בעמודה השמאלית – צ'קים אלו יש להניח בסורק ולבצע סריקה חוזרת.
אם לאחר הסריקה עדיין מופיע X בעמודה השמאלית – יש לוודא היטב מול הצ'ק הפיזי שכל השדות (מס' צ'ק, בנק, סניף ב 5 ספרות ומס' חשבון) תואמים לחלוטין לנתונים על המסך. במידה ונתון מסויים שגוי, יש לעדכנו בצורה ידנית:
הקלקה על רשומה תפתח את חלון עריכת הנתונים, בו ניתן לבצע תיקון לפרטי הצ'ק.
בשלב זה חשוב לוודא שכל הצ'קים מוכנים להפקדה, כולל קרוס ולמוטב בלבד עבור צ'קים שאינם מחוייבי הגעה, והיסב תקין בגב הצ'ק. ניתן לסרוק שוב צ'קים שנדרש לעדכן עבורם את הסריקה במערכת (לאחר הוספת למוטב בלבד או היסב מאחור). השידור לבנק יהיה תמיד של הסריקה האחרונה שבוצעה.
ניתן לגרוע צ'ק מההפקדה ע"י הקלקה על ה- V (מחיקת ה- V ) בעמודה הימנית ביותר בשורת הצ'ק.
אם חסרים צ'קים ברשימה, יש לבדוק את טבלת הרשומות השגויות שבתחתית מסך ההפקדה הראשי ולאתר את הצ'קים החסרים. הקלקה על רשומה שגויה תפתח את חלון עריכת הנתונים, בו ניתן לבצע תיקון לפרטי הצ'ק – צ'ק תקין יתווסף אוטומטית להפקדה בחלקו העליון של המסך.
